在第一集解决了“毁灭钢眼博士”后,“神奇四侠”已经逐渐适应了新的身份,队员们的生活亦过得有滋有味 。里德(尤安·格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰)和苏珊(杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰)终于步入教堂,然而,正当婚礼进行到一半时,突然狂风大作,一道银 色闪电在天空闪过。 里德忙叫“霹雳火”(克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰)追上去看过究竟,熟料“霹雳火”完全不是对方对手,里德的担忧变成了现实:新的敌人出现了――“银影侠”(道格·琼斯 Doug Jones 饰)! 世界各地开始灾难不断。通过调查,苏珊发现“银影侠”只不过受“行星吞食者”盖拉克图斯所迫,帮其在宇宙寻找可供其吞食的星球,今次的目标正是――地球!“神奇四侠”又出动了,这次能否帮助可怜的“银影侠”、成功挽救地球?
理查德博士(尤安•格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰)的科学梦想即将实现!他将飞往宇宙风暴的中心,揭开人类基因的密码。同行的还有,项目赞助人冯•杜姆(朱利安•麦克马洪 Julian McMahon 饰)、宇航员本•格林姆(麦克•切克里斯 Michael Chiklis 饰)、博士的前女友苏•斯通(杰西卡•阿尔芭 Jessica Alba 饰)以及她弟弟约翰尼•斯通(克里斯•埃文斯 Chris Evans 饰)。
艾迪(汤姆·哈迪 Tom Hardy 饰)是一位深受观众喜爱的新闻记者,和女友安妮(米歇尔·威廉姆斯 Michelle Williams 饰)相恋多年,彼此之间感情十分要好。安妮是一名律师,接手了生命基金会的案件,在女友的邮箱里,艾迪发现了基金会老板德雷克(里兹·阿迈德 Riz Ahmed 饰)不为人知的秘密。为此,艾迪不仅丢了工作,女友也离他而去。 之后,生命基金会的朵拉博士(珍妮·斯蕾特 Jenny Slate 饰)找到了艾迪,希望艾迪能够帮助她阻止德雷克疯狂的罪行。在生命基金会的实验室里,艾迪发现了德雷克进行人体实验的证据,并且在误打误撞之中被外星生命体毒液附身。回到家后,艾迪和毒液之间形成了共生关系,他们要应对的是德雷克派出的一波又一波杀手。
故事的设定发生在当下,变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击,而这一切的根源是“魔形女”瑞文(詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰)在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克(彼特·丁拉基 Peter Dinklage 饰)。在得知“幻影猫”(艾伦·佩吉 E llen Page 饰)利用穿越时空的能力帮助Blink(范冰冰 饰)等战友逃脱巨型机器人“哨兵”的追杀后,X教授(帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王(伊恩·麦克莱恩 Ian McKellen 饰)达成认同,决定让金刚狼(休·杰克曼 Hugh Jackman 饰)穿越回1973年,找到年轻的X教授(詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰)和年轻的万磁王(迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰)并说服他们一起阻止魔形女的行动。于是,金刚狼踏上了回到过去的旅程,但是命运会不会发生逆转,任何人都无从知晓。